元代后裔的本部蒙古族人在明朝时期称之为鞑靼，而西部蒙古族人则称为瓦剌，在明朝建立之初，鞑靼与瓦剌均臣服于大明王朝，后来在土木堡之战中，瓦剌俘虏了明英宗朱祁镇。瓦剌在鞑靼持续打击下，向西迁移，逐渐分裂为准噶尔部、和硕特部、土尔扈特部和杜尔伯特部四个部落。

明末清初之际，鞑靼分裂称为漠南蒙古部落和漠北蒙古部落，清廷采取和亲和封王的策略，分化、拉拢这两部门蒙古部落，与之称为盟友关系，进行卓有成效的控制。而准噶尔部逐步收服和硕特部、土尔扈特部和杜尔伯特部，这样漠西蒙古四部全部一统，接着准噶尔部又攻占了察合台汗国，自此建立了北接额尔齐斯河、鄂毕河、叶尼塞河上游，南到西藏阿里地区，西包巴尔喀什湖，东至蒙古萨彦岭及色愣格河流域，横跨万平方公里的准噶尔汗国。

清廷建立之初，准噶尔汗国顾忌周围形势向清廷俯首称臣，但到了公元年，野心勃勃的准噶尔汗汗王噶尔丹不断出兵四处征讨，扩大疆域，意图统一全蒙，重建大蒙古汗国，同大清争天下。到了公元年，噶尔丹亲率三万精锐骑兵攻打到内蒙古的乌兰布通，距离北京仅有里，威胁京都北京的安全，对于清王朝统治的稳定性极为不利。随后，康熙皇帝亲率大军同准噶尔部决战，凭借火炮的威力，击败准噶尔部。六年后，准噶尔部又集结了三万余精锐骑兵南下，康熙再一次披挂上阵，在昭莫多包围阻截了准噶尔大军，几乎全歼主力，此后数年，清廷又多次与其作战。

乾隆十年，准噶尔部的汗王病逝，高层为争夺汗位致使准噶尔部内乱不断，达万齐在姑父阿睦尔撒纳的辅助下成功夺得汗位，一举称王。好景不长，达王齐同其姑父阿睦尔撒纳龃龉不断，终失和，阿睦尔撒纳战败率残兵2万人投降清廷。随后，了解了准噶尔部内情的清廷果断出兵五万余人，讨伐达瓦齐，最终达瓦齐兵败被俘，押解回北京，加封亲王。

随后，清廷分封诸部汗王，以分化其势力，但未过多久，阿睦尔撒纳杀害驻守伊犁的清廷官员，试图反叛。公元年，清廷再次出兵平叛，阿睦尔撒纳夺命而逃，病死在俄罗斯。次年，清廷完全控制了天山南北两路，但剩余的准噶尔人仍然负隅顽抗，令清军损兵折将，乾隆获悉，愤怒不已，认为准噶尔人乃是反复无常之小人，豺狼成性，下诏前线务必全歼叛军，永绝后患。

清军将反抗的首领押解京城后，将其余部众押送东迁，进行分批屠杀，仅留下妇女儿童。几十万准噶尔人被杀，妇女儿童被分配，没有参与反叛的部落被编入八旗，准噶尔蒙古人从此灭绝。自公元年始，清朝经八十余年征战最终彻底平定准噶尔部，将西域纳入中华版图，称为新疆，清朝疆域扩大了多万平方公里。